RNA-Sequencing，是指利用次世代定序 (Next generation sequencing)技術，測定特定條件下mRNA的表現量或找尋新的isoforms。相較於microarray，RNA-Seq沒有螢光訊號飽和的問題，因此偵測的動態範圍較廣，且有機會偵測到新的isoform、基因融合或單一核甘酸變異。藉由RNA-Seq找出組別間表現量有差異的基因，並透過這些差異找尋其參與生物化學代謝途徑，進一步探討不同條件下對生物體的影響。